Protein Veri Bankası (PDB) dosyası nedir? Windows 11'de nasıl açılır ve görüntülenir?

Bir protein veri bankası (PDB) dosyası, üç boyutlu biyolojik verileri depolamak için kullanılan bir dosya biçimidir. PDB dosyaları genellikle proteinler, nükleik asitler ve diğer biyomoleküller hakkındaki verileri depolamak için kullanılır. PDB dosyaları, PyMOL ve VMD gibi yazılımlar da dahil olmak üzere çeşitli şekillerde görüntülenebilir. Windows 11'de, Dosya Gezgini'ne gidip Görünüm sekmesine tıklayarak ve ardından gizli dosya ve klasörleri gösterme seçeneğini belirleyerek bir PDB dosyasını açabilirsiniz. Bunu yaptıktan sonra, görüntülemek istediğiniz PDB dosyasını bulabilmeniz gerekir. PDB dosyaları, verilerin üç boyutlu olarak görselleştirilmesine ve analizine izin verdiği için biyomoleküllerle çalışan bilim adamları için önemli bir araçtır. Bu nedenle, PDB dosyalarının nasıl açılacağını ve görüntüleneceğini anlamak, biyoinformatik veya hesaplamalı biyoloji alanında çalışan herkes için önemli bir beceridir.

Protein Veri Bankası (PDB) dosyaları moleküler yapıları depolayan üç boyutlu moleküler dosyalardır. Şimdi, bu tür dosyaları PC'de nasıl açacağınızı merak ediyorsanız, bu yazı ilginizi çekecektir. Burada, PDB dosyalarını ve bu tür dosyaların Windows 11/10'da nasıl görüntüleneceğini ayrıntılı olarak tartışacağız. O halde, daha fazla uzatmadan, hadi kontrol edelim!

Protein Veri Bankası (PDB) dosyası nedir?

Protein Veri Bankası (PDB), proteinler, nükleik asitler ve diğer büyük moleküller için 3 boyutlu yapısal verilerin bir veritabanıdır. dosya kaynağı GSYİH Dosya uzantısı temel olarak bir 3B biyolojik molekülün yapısıyla ilgili verileri içeren bir dosyadır. Veriler, atomik koordinatları, atomik yapıları, atomik bağlanabilirliği, protein yapısını, nükleik asit yapısını ve daha fazlasını içerir. Aynı zamanda deneysel meta veriler içerir.

Bu dosya formatı, protein koordinatlarını değiştirmek için biyoinformatikte yaygın olarak kullanılır. Bir proteinin yapısını anlatan binlerce satır içerir. Şimdi, bir Windows PC'de PDB dosyalarını okumak veya görüntülemek istiyorsanız, bunun için yerel bir uygulama olmadığı için özel bir üçüncü taraf aracı kullanmanız gerekir. Bu yazıda, Windows 11/10'da PDB dosyasını görüntülemenin farklı yollarını tartışacağız.

Windows 11'de Protein Veri Bankası (PDB) dosyası nasıl görüntülenir?

Windows 11/10'da Protein Veri Bankası (PDB) dosyasını görüntülemenin iki yolu vardır:

1. PDB dosyalarını görüntülemek için ücretsiz yazılım kullanın.
2. PDB dosyalarını okumak için ücretsiz bir çevrimiçi aracı deneyin.

1] PDB dosyalarını görüntülemek için ücretsiz yazılım kullanın.

PDB dosyalarını açmanıza ve görüntülemenize izin veren üçüncü taraf Windows yazılımını kullanabilirsiniz. Windows için deneyebileceğiniz birkaç ücretsiz masaüstü uygulaması vardır. İşte kullanabileceğiniz bazı iyi olanlar:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• cumol
• bir molekül
• RasMol

A] Ikmol

IQmol, Windows 11/10 için ücretsiz ve açık kaynaklı bir moleküler düzenleyici ve görselleştirme yazılımıdır. Bunu kullanarak, PDB'nin yanı sıra MOL, SMI, CUBE, XYZ, vb. gibi diğer çeşitli 3B molekül dosyalarını görüntüleyebilirsiniz. Bu yazılımda, tüm önemli moleküler görselleştirme araçlarını bulabilirsiniz. Bu araçlar temelden gelişmişe kadar değişir. PDB dosyasını görüntülemenin yanı sıra moleküler yapıyı da düzenleyebilirsiniz.

Aynı anda birden fazla PDB dosyası açmanıza ve hepsini aynı anda görüntülemenize olanak tanır. Model Görünümü panelinde, bir veya daha fazla PDB dosyasının işlenmesini etkinleştirebilir veya devre dışı bırakabilirsiniz.

IQmol'ün ana özellikleri:

İnceleyebileceğiniz bu ücretsiz ve açık kaynaklı PDB dosya görüntüleyicisinin özellikleri şunlardır:

• Yakınlaştırma/uzaklaştırma (fare tekerleğiyle), kaydırma, döndürme, tam ekran, görünümü sıfırlama, eksenleri gösterme vb. dahil olmak üzere tüm standart dosya tarama araçlarını bulabilirsiniz.
• Gölgelendirici, ortam ışığı, difüzyon, sis gücü, parlak noktalar, gürültü yoğunluğu, POV-Ray parametreleri gibi parametreleri düzenleyerek modelin görünümünü özelleştirmenize olanak tanır.
• Atom kütlesi, kısmi yük, NMR, dönüş yoğunluğu vb. gibi atomik etiketler de ekleyebilirsiniz.
• Bu, kamera ayarlarını beğeninize göre özelleştirmenizi sağlar. Kamera projeksiyonunu, konumunu vb. ayarlayabilirsiniz.
• uygun bir yere sahip olmak Otomatik döndürme moleküler modeli otomatik olarak döndürmenizi sağlayan bir işlev.
• Geçerli protein yapısı temsilini PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, vb. gibi bir görüntü formatında kaydedebilirsiniz.
• Ayrıca, 'Farklı Kaydet' özelliğini kullanarak PDB'yi diğer molekül dosyalarına dönüştürmenize olanak tanır. Desteklenen çıktı biçimleri: XYZ, MOL, MOL2, CML, vb.
• onu da kullanabilirsin Hesaplama hesaplanacak fonksiyonlar moleküler yapı enerjisi, kuvvetler, PES taraması, geçiş durumu, kimyasal kaymalar, geometri, ayrışma enerjisi, BSSE düzeltmesi, ve benzeri.

Görüntüleme işlevlerine ek olarak, bir dizi moleküler yapı işlevi içeren özel bir Oluşturma menüsü elde edersiniz. Bu özellikler, yeni atomlar eklemeyi, yeni moleküller yerleştirmeyi, yapıyı en aza indirmeyi, izotopları ayarlamayı ve daha fazlasını içerir.

Bu, PC'nizde Protein Veri Bankası dosyalarını görselleştirebileceğiniz gerçekten iyi bir moleküler modelleme yazılımıdır. Beğendiyseniz, indirin buradan .

Görmek: Chem4Word, Microsoft Word için bir kimya eklentisidir. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer, Windows 11/10 için özel bir ücretsiz PDB dosya görüntüleyicisidir. Birkaç protein yapısını aynı anda görselleştirmenizi ve analiz etmenizi sağlar. PDB dosyasının içerdiği protein yapısını, DNA yapısını vb. analiz edebilirsiniz. PDB dosyasının yanı sıra MOL ve MMCIF dosyalarını açmanıza ve görüntülemenize de olanak tanır.

Bir PDB dosyasını açtığınızda, arabirimde bir kontrol paneli penceresiyle birlikte bir 3B görünüm görüntülenir. Kontrol paneli genel bilgileri, bir listeyi ve bir dosya başlığını içerir. Yapıyı kolayca hareket ettirebilir, döndürebilir, yakınlaştırabilir/uzaklaştırabilirsiniz vb.

Ayrıca nokta yüzeyini, tabanı, hidrojen bağlarını, kuvvet vektörlerini ve daha fazlasını tercihlerinize göre göstermenizi veya gizlemenizi sağlar. Yapıyı daha iyi analiz etmek için farklı parçaları farklı renk şemalarıyla da vurgulayabilirsiniz. Ek olarak, Solid 3D'de İşleme, POV İşleme, Etiketleri Görüntüle ve daha fazlası gibi görüntüleme özelliklerini kullanabilirsiniz.

Görselleştirme araçlarına ek olarak, birçok moleküler modelleme özelliğine de sahip olursunuz. Ayrıca enerji hesaplama, H-bağı hesaplama, alan analizi, alan tespiti, 3B motif oluşturma, kristalografik simetri oluşturma ve diğer araçları da içerir.

adresinden indirebilirsiniz Resmi site .

Okumak: Windows 11/10 için en iyi ücretsiz güç analizi yazılımı.

C] QMol

cumol Windows 11/10 için başka bir ücretsiz PDB görüntüleyicisidir. PDB dosyalarını görüntüleyebileceğiniz bir makromoleküler yapı görselleştirme aracıdır. İçinde açıp görüntüleyebileceğiniz diğer dosyalar DX, MAP, MTZ, CNS vb.

Perspektif ve ortografik görünümler arasında geçiş yapmanıza, modeli döndürmenize, yakınlaştırma/uzaklaştırmanıza vb. olanak tanır. POV-Ray ve animasyon oluşturma yöntemlerini kullanarak modeli oluşturabilirsiniz. Oluşturulan yapı PNG formatında kaydedilebilir. Modelde mesafeyi, açıyı ve bükülmeyi ölçmenizi sağlayan bir ölçüm aracı da mevcuttur.

Protein yapısını daha fazla analiz etmek için bazı ek araçlar da bulabilirsiniz. Bu araçlar şunları içerir: Moleküler süperpozisyon, Mol yüzey kesici, Mol yüzey oluşturma, Mol bağ düzenleyici, etkileşim analizi, Mol morf animasyonu, ve benzeri.

PDB dosyalarında bulunan protein yapısını görselleştirmek ve analiz etmek için iyi bir yazılımdır.

Görmek: .LIT seçeneği # LIT Windows'ta EPUB veya MOBI'ye nasıl dönüştürülür?

e-posta yedekleme yazılımı

D] Moleküller

Bu listedeki bir sonraki PDB görüntüleyici yazılımı Molekel'dir. Bu, PDB dosyalarını açıp görüntülemenizi sağlayan oldukça eski ama güçlü bir moleküler görselleştirme yazılımıdır. Protein yapılarını analiz etmenizi sağlayan birçok moleküler görselleştirme ve analiz aracı bulabilirsiniz.

Moleküllerin, atomların, bağların, kalıntıların vs. görüntüsünü özelleştirmenize olanak tanır. Her biri için Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder gibi farklı görüntüleme türleri seçebilirsiniz. Tel, Çubuk, Doğrusal Bant vb. Ayrıca, 3B görünümün özelliklerini ayarlayabilir, sınırlayıcı kutuları gösterebilir/gizleyebilir, gölgelendiricileri kullanabilirsiniz vb. Yüzeyin elektron yoğunluğunu değiştirerek PDB dosyasını görüntülemenizi sağlar. yapıya ve çözücüye uygun bir yüzeyin yapıya eklenmesi.

Bulabilirsin Animasyon molekülün yapısının animasyonunu oynatmak için içinde bir işlev. Ayrıca uygun araçları içeren özel bir 'Analiz' menüsü vardır. Analiz araçlarını kullanarak bir yapı için ızgara verilerini, dönme yoğunluğunu, moleküler elektrostatik potansiyeli, emisyon spektrumunu, mesafeyi, açıyı ve daha fazlasını belirleyebilirsiniz.

Ayrıca, PDB dosyalarını çeşitli dosya biçimlerine dönüştürmenize olanak tanır. Bu biçimler arasında PDF, PS, EPS ve Görüntü bulunur. beğendiysen alabilirsin Burada .

Okumak: Complete Anatomy App, Windows için indirilmeye değer bir uygulamadır. .

E] Rasmol

Windows 11/10'da PDB dosyalarını görüntülemek için RasMol'u da kullanabilirsiniz. Moleküler yapıları görselleştirmenizi ve analiz etmenizi sağlayan ücretsiz ve açık kaynaklı bir yazılımdır. Ayrıca MOL, XYZ, CIF, MOPAC vb. diğer dosyaları açmayı ve görüntülemeyi de destekler.

Yapıyı çerçeve, çözgü, çubuk, şerit, şerit vb. olarak görmenizi sağlar. Ayrıca yapının farklı kısımlarını farklı renklerle vurgulayabilirsiniz. Ayrıca hidrojen atomlarını, heteroatomları, gölgeleri, etiketleri vb. tercihlerinize göre göstermenizi veya gizlemenizi sağlar. Bir yapıdaki mesafe, burulma, açı ve diğer değerleri de ölçebilirsiniz.

Bu yazılım mevcut Burada .

Görmek: Windows için En İyi Ücretsiz 3D İnsan Anatomisi Yazılımı.

2] PDB dosyalarını okumak için ücretsiz bir çevrimiçi aracı deneyin.

PDB dosyalarını açmak ve görüntülemek için ücretsiz bir çevrimiçi araç da kullanabilirsiniz. Tek yapmanız gereken web sitesini bir web tarayıcısında açmak ve görüntülemek için PDB dosyasını indirmek. İşte deneyebileceğiniz bazı iyi ücretsiz çevrimiçi PDB görüntüleyicileri:

• RCSB PDB
• Molsoft

A] RCSB PDB

Windows tanılama ilkesi hizmetini başlatamadı

Protein Veri Bankası dosyalarını görselleştirmek için RCSB PDB adlı bu ücretsiz çevrimiçi aracı kullanabilirsiniz. Bir PDB dosyasını içe aktarmanıza ve ardından moleküler yapısını görselleştirmenize ve analiz etmenize olanak tanır.

Yakınlaştırma, döndürme, gelişmiş bağlantı noktası görünümü geçişi, kamera sıfırlama, seçim modu geçişi vb. gibi bazı temel görselleştirme özelliklerini bulabilirsiniz. Ayrıca kamera modu (perspektif veya ortografik), arka plan rengi, açık gibi bazı ayarları veya kontrol seçeneklerini değiştirmenize olanak tanır. /kapalı. oklüzyonu devre dışı bırakın, sisi, kırpmayı, konumu vb. etkinleştirin/devre dışı bırakın.

ile birlikte gelir Canlandır işlev. Bunu kullanarak, protein yapısını otomatik olarak döndürebilirsiniz. Bununla dönüş hızını ve açısını ayarlayabilirsiniz. Ayrıca özel bir Ölçüm içindeki alet. Bu aracı kullanarak mesafe, yön, açı ve daha fazlası gibi çoklu değerleri öğrenebilirsiniz.

Bu özelliklere ek olarak, başka kullanışlı araçlar da mevcuttur: yapı motifi arama, bileşen ekleme, animasyon dışa aktarma, geometri dışa aktarma (STL, OBJ, vb.) ve model dışa aktarma.

Sonuç olarak, bu, harika bir görselleştirme araçları seti ile gerçekten iyi bir ücretsiz çevrimiçi PDB görüntüleyicisidir. Deneyebilirsin Burada .

B] Molsoft

Molsoft, PDB yapılarını görselleştirmek için kullanılabilecek başka bir çevrimiçi araçtır. Bu, temel özelliklere sahip basit bir PDB dosya görüntüleyicisidir. İlk önce aç İnternet sitesi ve üç şeritli menü seçeneğine tıklayın. Bundan sonra, yerel olarak kaydedilmiş bir PDB dosyasını içe aktarmak veya Google Drive'ınızdan bir dosya yüklemek için 'Aç' seçeneğini belirleyin. Bir dosya seçtiğinizde, size görüntüleyicide moleküler yapıyı gösterecektir.

Yapıyı görselleştirmek için farklı görünüm modlarını kullanabilirsiniz. Bu görünümler tel kafes, kreatin fosfokinaz (CPK), top ve çubuk, şerit ve daha fazlasını içerir. Gereksinimlerinize uyacak şekilde bu görüntüleme modları arasında kolayca geçiş yapabilirsiniz. Ek olarak, yapının daha iyi anlaşılması için atom etiketlerini, kalıntı etiketlerini, hidrojen bağlarını ve siteleri etkinleştirmenize veya devre dışı bırakmanıza olanak tanır.

Ayrıca ölçüm araçları sağlar. Modelde mesafe, düz açı ve bükülme açısını ölçebilirsiniz. Ek olarak, yapıyı atom tipi, zincir, hizalama, ikincil yapı vb. ile renklendirmenizi sağlayan kullanışlı bir Renklendirme işlevi de mevcuttur.

Bu, ücretsiz olarak deneyebileceğiniz başka bir iyi çevrimiçi PDB dosya görüntüleyicisidir.

Protein Veri Bankasından bir PDB dosyası nasıl indirilir?

Protein Veri Bankasından bir PDB dosyası indirmek için, Protein Veri Bankası web sitesini ziyaret edebilir, insan hemoglobini, kitinaz vb. gibi protein veya makromolekülün adını girip arayabilirsiniz. Ardından, arama sonuçlarından dosyayı seçin ve PDB dosyasını indirmek için indirme seçeneğini kullanın. Kadar basit.

PDB yapıları nasıl görüntülenir?

PDB'nin moleküler yapıları, özel bir çevrimiçi araç veya yazılım uygulaması kullanılarak görüntülenebilir. PDB yapılarını PC'nizde görselleştirmek ve analiz etmek için IQmol, Swiss-PdbViewer ve CueMol gibi ücretsiz yazılımları deneyebilirsiniz. Çevrimiçi bir araç kullanmayı tercih ederseniz, birçok seçenek vardır. Örneğin, RCSB PDB ve Molsoft gibi web servislerini deneyin. Bunlar, gelişmiş moleküler görselleştirme ve analiz araçları sağlayan ücretsiz çevrimiçi PDB dosya görüntüleyicileridir.

PDB dosyasını PDF'ye nasıl dönüştürebilirim?

PDB dosyasını PDF'ye dönüştürmek için Molekel adlı bu ücretsiz masaüstü uygulamasını kullanabilirsiniz. PDB dosyasını PDF formatına dönüştürmenizi sağlayan özel bir 'PDF'ye Kaydet' seçeneği sunar. PDB dosyasını açabilir ve ardından PDB'yi PDF'ye dönüştürmek için 'Dosya' > 'PDF'ye Kaydet'i tıklayabilirsiniz. Bu yazılımı bu yazıda ayrıntılı olarak tartıştık, yukarıda kontrol edin.

Bu kadar.

Şimdi Oku: Windows için En İyi Ücretsiz Moleküler Modelleme Yazılımı.